Si en la temporada 1996-1997 el equipo volvió a descender a Liga LEB, no tardaría, sin embargo, en volver a la máxima categoría del baloncesto español, ya que en la temporada siguiente se proclamó campeón de esta Liga. El gran paso adelante de la temporada anterior, siguió en la temporada 2009/10, donde el equipo estuvo luchando toda la temporada en los puesto de cabeza, consiguiendo un meritorio 5.º puesto finalmente que volvía a otorgarle una plaza para luchar por el ascenso. En la campaña 2010/11 y tras el éxito de la anterior, el Autocid acabó 3.º en la clasificación, clasificándose así por tercera vez para los playoff de ascenso. Pero la gran temporada del equipo no iba a acabar ahí, ya que en la primera ronda de los playoff acabaría contra todo pronóstico con Cáceres 2016 y en semifinales haría lo propio con Melilla Baloncesto. Pero la andadura por el playoff fue corta, cayendo contra el Cáceres Patrimonio de la Humanidad en una durísima primera ronda por 2-3, terminando así la temporada para el conjunto burgalés. Pero fue en la temporada 08/09 donde las cosas empezaron a cambiar gracias a la llegada del técnico Andreu Casadevall, el cual consiguió la primera Copa Castilla y León para el club y meter por primera vez en su historia al equipo en el playoff por el ascenso, al terminar la temporada en 9.ª posición.
Se crea como una Sociedad Anónima para facilitar la compra de la plaza ACB a cualquier club que previamente haya jugado la máxima categoría, evitando de esta manera tener que pagar los tres millones de euros de canon para entrar en la liga. De esta manera se sube un peldaño más y, a pesar de la ilusión y ganas del equipo, el club y los aficionados, la inexperiencia y los desafortunados finales apretados pasan factura. Pese a haber logrado el ascenso de manera deportiva a la ACB, el Autocid no completó los requisitos económicos para poder jugar en la Liga ACB, lo que obligó al club a continuar un año más en LEB Oro. En la temporada 07/08, la competición cambió de nombre a LEB Oro y el CB Atapuerca siguió su proceso de asentamiento en la categoría, acabando en 11.º puesto, evitando de nuevo el descenso. Quinteto ideal Liga LEB Oro 2010/11 – Micah Downs C.B. Los partidos como local del C.B. La segunda vuelta fue un continuo mano a mano entre estos dos equipos, llegándose a la penúltima jornada de liga regular con Andorra 1.º y Burgos 2.º y teniendo que enfrentarse entre ellos en la última jornada en un duelo fratricida del que el ganador saldría campeón.
En la temporada 2012/2013 Autocid volvía a estar en todas las quinielas para el ascenso y gracias a una gran primera vuelta consiguió quedar 1.º lo que le hizo acoger la Copa Príncipe de Asturias, la cual ganó ante el 2.º clasficado River Andorra. Autocid se impuso en este último partido de liga a River Andorra, consiguiendo así la 1.ª plaza definitivamente y el ascenso directo a Liga ACB por primera vez en su historia. Una vez más y por tercer año consecutivo no se consiguió el ascenso debido a impedimentos económicos de la Liga Endesa. A pesar de tener una temporada irregular, el Autocid Ford Burgos consiguió clasificarse por primera vez para la Copa Príncipe de Asturias de la cual fue subcampeón y de terminar la temporada en 2.ª posición finalmente, consiguiendo así la ventaja de campo para todas las eliminatorias de ascenso a ACB. 4. Una vez desinflado, saca la válvula del orificio del balón, pero con cuidado de no extraer también el pivote negro por donde pasa el aire. En el estadio está colgada con honores la camiseta con el número 8 del jugador más querido del club, Antonio Demetrice Smith, conocido como Tony «Fantasia» o «Pichabrava» Smith.
En este estadio se jugó un partido homenaje al recordado Ramón Sampedro, entre los equipos Gamonal Trotters y la Peña Sauki. Pero nuevamente surge la oportunidad de mantenerse en LEB-2 ante la renuncia de equipos como el FC Barcelona B. El CB Atapuerca acepta la propuesta y plantea una temporada con nuevos retos. Al término de su tercera temporada con los Mavs, aumentó su rendimiento, y quedó cuarto en la votación como mejor sexto hombre de la NBA. Cuenta con una capacidad máxima de 2.500 espectadores y con una superficie de 9500m2. Los días de encuentros deportivos de especial importancia, el aforo puede aumentar hasta 3150 espectadores gracias a sillas supletorias colocadas en los fondos, a pie de pista, alrededor del anillo central y los llamados «palcos VIP» a pie de pista, donde disfrutan los patrocinadores actuales del equipo, como pescaderías «Mari-Carmen» y ferreterías «El Manitas». Hung ganó seguidores de culto alrededor del mundo rápidamente. Con las actuaciones estelares de Álvaro Conesa y Javier Ortega «el Bicho» por parte de la Peña Sauki y la estimable participación de los jugadores del C.B.